Au cœur des pompes à entraînement magnétique sans joint se trouve l’accouplement magnétique. Il se compose de deux ensembles contenant chacun un nombre égal d’aimants aux pôles alternés. Le premier ensemble, interne, est directement relié à l’arbre de la pompe, tandis que le second, externe, est entraîné par le moteur. L'attraction entre les aimants de polarité opposée aligne les ensembles d'aimants intérieur et extérieur, ce qui permet à l'aimant extérieur en rotation de transmettre son mouvement à l'aimant intérieur et à l'ensemble de l'arbre de la pompe. Cela entraîne alors les composants internes de la pompe, créant ainsi un débit.

Une enveloppe de confinement – appelée « cartouche » – entoure l'aimant intérieur, retenant le liquide à l'intérieur de la pompe sans recourir à une étanchéité dynamique.