El elemento central de las bombas de accionamiento magnético sin juntas es el acoplamiento magnético. Hay dos conjuntos que contienen el mismo número de imanes con polos alternados. El primer conjunto, el de imanes internos, se conecta directamente al eje de la bomba, mientras que el segundo conjunto, el de imanes externos, es accionado por el motor. La atracción entre imanes de polaridad opuesta alinea los conjuntos de imanes interior y exterior, lo que a su vez permite que el imán exterior giratorio transmita su rotación al imán interior y al conjunto del eje de la bomba. Esto hace girar los componentes internos de la bomba, generando el caudal.

Una carcasa de contención —denominada «canister»— rodea el imán interior, manteniendo el líquido dentro de la bomba sin necesidad de utilizar un sello dinámico.