Una bomba higiénica se utiliza en sistemas en los que la limpieza es fundamental para el producto que se bombea, como alimentos, bebidas y productos farmacéuticos. Las bombas higiénicas deben poder limpiarse y desinfectarse periódicamente, y deben ser capaces de manipular los líquidos con cuidado. Entre los indicios de que una bomba se considera higiénica se incluyen la certificación ATEX, así como otras certificaciones.